三清山的最佳旅游時間是春、秋兩季，尤以秋季更佳。這時候天氣干爽，沒有煩人的雨水來干擾，可以玩得很盡興，是觀日出，賞云霧奇景的好時候，而少見的佛光也會時時出現。

秋季看點：玉京峰、司春女神

不登玉京峰，難得三清妙。玉京峰正是觀日出、日落的絕佳位置。山峰高凌云端，峻峭挺拔，更有天象奇觀云海、霧濤、日出、佛光等。司春女神作為三清山的招牌景點，絕對不容錯過。

春季推薦：南清園

景區內有方圓數百畝的千年杜鵑谷，谷中樹齡上千年的杜鵑樹比比皆是，每年5－6月份花開時節，芬芳滿山，殊為可觀。

三清山地處亞熱帶氣候區，同時又具有高山氣候的特征，年平均氣溫介于10－12℃之間，七月份平均氣溫21.8℃，年平均降水量在2000毫米左右。